Если финансирование закупки осуществляется из различных источников, в документации о закупке кроме НМЦ контракта следует отразить соответствующую информацию в разрезе источников.
В какой пропорции прописывать в заключаемом контракте средства из разных источников при снижении в ходе закупочной процедуры начальной цены, 44-ФЗ не указывает.
Основываясь на мнении Минэкономразвития, можно сделать вывод, что в этом случае также можно уменьшить такие средства пропорционально снижению НМЦ контракта.

Поподробнее можно узнать из документа: Письмо Минэкономразвития России от 31.01.2017 N Д28и-393